聯亞生技集團在王長怡掌控下，去年底傳出因積欠貨款而遭法院聲請支付命令，王長怡個人投資公司也驚傳跳票，王長怡事後表示因籌資借貸被詐取高利；日前中國江蘇省法院判決王長怡擔任代表人的聯亞藥（揚州）必須清償借款500萬人民幣。
王長怡同時受到兩岸追債，由於聯亞生技是國發基金投資項目之一，若負責人財務未處理好而影響公司營運，恐影響廣大納稅人的權益。
根據中國江蘇省揚州市邗江區人民法院判決書所載，王長怡以聯亞藥（揚州）生物醫藥有限公司負責人於2021年6月份向聯生藥（揚州）生物醫藥有限公司簽訂《借款合同》，約定借款人民幣500萬元用於公司日常經營流動資金使用，借款期限為款項入帳起兩個月。借款期間利率為每年5%，到期後一次性還本付息，逾期利率標準為每日萬分之三，並約定由被告承擔訴訟產生的費用（受理費、律師費、保險費等）。
判決書指出，2021年6月21日聯生藥（揚州）轉帳500萬人民幣至聯亞藥（揚州），2個月到期後，王長怡對還款一事置之不理，聯生藥（揚州）多次要求償還，王長怡不但分文未還，對於法院開庭不做答辯也不提供證據。最後法院判決王長怡必須如數歸還本息，如果未按本判決指定的期間履行給付金錢義務，還需加倍支付遲延履行期間的債務利息。
回顧今年台灣票據交換所票信查詢記錄，截至去年11月28日，王長怡有一筆退票日期為去年10月18日、金額200萬元的退票紀錄，退票的理由是「存款不足」，清償贖回的註記日期為去年10月27日。
此外，王長怡投資有限公司也有4筆的退票紀錄，總金額為1120萬元，分別是去年9月13日一張支票面額1000萬元、同年12月8日3張支票面額分別為20萬元、50萬元、50萬元，退票理由都是「存款不足」，而且清償註記日期為空白。
面對兩岸廠商追討貨款、借貸等債務，王長怡在經營公司或個人都顯現財務問題，聯亞生技目前官股占四成股份；若王長怡財務未處理好而影響公司營運，恐影響所有納稅人的權益。
